在2023年度审计查出问题的整改过程中，针对农村义务教育学生营养改善计划专项资金审计方面，已整改问题涉及资金高达40.39亿元。截至2024年9月底，已完善制度248项，处理处分1200人。
整改中发现，部分补助资金管理使用较为混乱。针对直接挪用问题，66个县已原渠道归还或支付拖欠补助等共计19.51亿元；针对变相挤占问题，41个县和1533所学校已通过原渠道归还或上缴财政后重新安排等方式整改，涉及资金2.7亿元；针对串通套取问题，4个县终止与原供应商的供货协议或重新招标，1个县补拨资金72.96万元提高供餐标准，弥补学生受损利益。
对于部分供餐单位违规经营问题，121个县已处理处罚相关学校负责人237名，解除与147家违规食材供应商的合同，追回资金或罚款等4.2亿元，并完善供应商准入和退出机制，强化食材出入库检查。
餐食采购招标和供餐监管不够规范严格的问题也得到解决。25个县终止通过直接指定等方式违规确定的供应商合同并重新招标，追回涉事企业不当获利等8.96亿元；35个县取消串标供餐企业投标资格、招标代理公司代理资质，追回资金等4.53亿元。
审计署政策研究室副主任林海强调，对于营养餐审计发现的问题，中央纪委等部门已印发指导意见，加强中小学校园食品安全和膳食经费管理监督，确保每一分钱都吃到学生嘴里。目前，8个省已追责问责380多名徇私枉法的供餐监管部门和学校工作人员；9个省份补发社会保险补贴等1.9亿元。
此外，审计中还发现应发未发社会保险补贴、虚构劳动关系骗取套取各类补贴等问题。在就业补助资金和失业保险基金审计方面，已整改问题涉及资金3.58亿元，完善制度80余项，处理处分170多人。
针对补贴资金发放不精准问题，9个省份已补发社会保险补贴等1.9亿元，24个省份已追回被套取骗取的各类补贴1.3亿元。
针对部分劳务派遣企业侵害劳动者权益问题，2个省份严肃查处欠薪欠保等违法行为，督促劳务派遣企业补发截留克扣的劳动者报酬、补缴社保费等共计3201万元。
审计署政策研究室副主任林海表示，将对尚未整改问题一盯到底，压实整改责任，用好问责利器，坚决惩处虚假整改等问题，做好举一反三，及时完善制度、堵塞漏洞、加强监管。审计署也将持续加强跟踪督促检查，推动整改合规到位、扎实有效。
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